پس از این ادعاها بهادری جهرمی اعلام کرده بود از طریق شرکت در آزمون و دقیقاً مشابه همه دانشجویان بدون هیچ سهمیهای، موفق به پذیرش در دوره دکتری دانشگاه تهران شده و پس از طی فرایندهای قانونی مشابه دیگران، به عنوان عضو هیئت علمی جذب شده است. همچنین اعلام کرده بود، محسن برهانی خودش بورس دانشگاه شهرکرد بوده و علیرغم تعهد بورس به این دانشگاه، جذب دانشگاه تهران شده است.
در پی تشکیل پرونده، دادگاه پس از دو سال رسیدگی به موضوع و استعلام از مراجع ذیصلاح، با تأیید اظهارات شاکی، برهانی را به اتهام افترا محکوم کرد. رأی صادرشده در مرحله تجدیدنظر نیز تأیید و نهایی شده است.
در نهایت با توجه به اعتراف و پذیرش اشتباه برهانی در مرحله تجدیدنظر، مجازات حبس صادر شده در مرحله بدوی به مجازات مالی تبدیل و به مرحله اجرا درآمد.
