باقرشهر در جنوب شهرری و در پایین دست پالایشگاه نفت تهران قراردارد که به علت کمبود بارش ها طی سال های گذشته بیشتر آب موردنیاز کشاورزی آن از منابع زیرزمینی تامین می شود.
نشت نفت در زمین های کشاورزی جنوب پایتخت درحالی رخ می دهد که در سال های گذشته آبیاری بخش هایی از زمین ها بویژه کشت سبزی و صیفی جات این منطقه با فاضلاب نیز خبرساز بوده است.
برخی پمپ های آب در مناطق پایین دست پالایشگاه اینک به جای آب، نفت یا آب آلوده به مواد نفتی را بالا می کشد و بعضی کشاورزان با ایجاد حوضچه، نفت را از آب جدا و با آب باقی مانده زمین ها را آبیاری می کنند.
پالایشگاه نفت تهران در شمال باقرشهر قرار دارد و سال 1347 تاسیس شده است.
اهالی منطقه می گویند که فرسودگی تانکرهای زیرزمینی ذخیره سوخت و نیز لوله های انتقال یا زواید تولید شده از پالایشگاه نفت خام سبب بروز آلودگی های نفتی شده است.
مسیر نهرهایی که آب پمپاژ شده از چاه های عمیق را به زمین های کشاروزی هدایت می کند در اثر عبور آب آلوده به ترکیبات نفتی به رنگ قهوهای تیره و سیاه در آمده و این رنگ در نهرها قابل ردیابی است.
غلظت این ترکیبات در نهرها به حدی است که در نگاه اول تصور می شود این مواد سوختی است که از چاه استخراج می شود ولی با این وجود برخی کشاورزان به علت کمبود آب و نیاز مبرم زمین های کشاورزی به آبیاری، همچنان از آب های آلوده زیر زمینی برای کشاروزی استفاده می کنند.
