طبق مصوبه گذشته دولت، خودروهای هیبریدی از پرداخت 35 درصد عوارض و تعرفه گمرکی واردات معاف هستند؛ بنابراین در نگاه اول این گونه به‌نظر می‌رسد که قیمت آنها باید پایین‌تر از مدل‌های مشابه بنزینی باشد. با این حال، هم‌اکنون در بازار خودرو کشور، قیمت خودروهای هیبریدی بیش از نمونه‌های بنزینی است.

آن طور که کارشناسان  عنوان می‌کنند، دلیل این موضوع، در درجه اول، بالا بودن قیمت پایه هیبریدی‌ها در شرکت‌های خارجی مادر و در درجه دوم، اخذ عوارض و مالیاتی غیر از سود بازرگانی، از این خودروها است. به گفته کارشناسان، خودروهای هیبریدی به طور متوسط بین 25 تا 30 درصد گران تر از مدل‌های بنزینی هستند و این موضوع در بالا بودن قیمت مدل‌های وارداتی آنها به ایران، تاثیر مستقیم دارد. بالا بودن پایه قیمت، البته در بحث اخذ عوارض و مالیات‌های عمومی از خودروها نیز تاثیر دارد، بدین معنا که هرچه قیمت پایه بالاتر باشد، هزینه‌های مربوطه نیز افزایش می‌یابد. کارشناسان تاکید می‌کنند که در حال حاضر حدود 40 درصد عوارض و مالیات (شامل تعرفه ورودی، عوارض مربوط به توسعه ناوگان وزارت بهداشت، مالیات مرتبط با خروج خودروهای فرسوده و همچنین هزینه شماره‌گذاری) از خودروهای هیبریدی اخذ می‌شود؛ بنابراین به‌دلیل بالا بودن قیمت پایه هیبریدها، اثرگذاری هزینه‌های مربوطه در قیمت نهایی خودرو، بیشتر از مدل‌های بنزینی است. این در شرایطی است که به‌نظر می‌رسد دولت اگر می‌خواهد پروژه خودروهای هیبریدی به سرانجام مطلوبی برسد، بهتر است در کنار ایجاد و توسعه زیرساخت‌ها، در اخذ برخی عوارض و مالیات از هیبریدی‌ها تجدیدنظر کند.