با اینکه «باراک اوباما» رئیس‌جمهور سابق آمریکا در آن زمان درباره انتخاب فلین برای این سمت هشدار داد، دونالد ترامپ یک هفته پس از پیروزی‌اش در انتخابات ریاست‌جمهوری 2016، فلین را در کاخ سفید استخدام کرد.
فلین تنها 24 روز پس از خدمت در این سمت و به دلیل انتشار گزارش‌هایی درباره اینکه «مایک پنس» معاون رئیس‌جمهور را درمورد گفتگو با کیسلیاک گمراه کرده است، مجبور شد استعفا دهد.
ترامپ و کاخ سفید تاکنون درباره اعتراف فلین در روز جمعه نظر نداده‌اند؛ اما اظهارات پیشین ترامپ که برای دفاع از فلین گفته است به شرح زیر است:
15 فوریه در کنفرانس مطبوعاتی مشترک با «بنیامین نتانیاهو» نخست‌وزیر رژیم‌صهیونیستی: «مایکل فلین، ژنرال فلین، مرد فوق العاده‌ای است. رسانه‌ها با او خیلی بد رفتار کردند. همان رسانه‌هایی که من آنها را جعلی می‌دانم. غم انگیز است که با او تا این حد بدرفتاری شده است. علاوه بر این به نظر می‌رسد اخبار و مدارک اطلاعاتی به شکل غیرقانونی لو رفته‌اند و این عادلانه نیست».
31 مارس در شبکه اجتماعی توییتر: «مایک فلین باید درخواست کند امنیتش حفظ شود چون این کاری که دموکرات‌ها و رسانه‌ها می‌کنند، شکار ساحره است!»
31 مارس در شبکه اجتماعی توییتر: «ژنرال فلین از دولت اوباما بالاترین مجوز دسترسی به اطلاعات طبقه بندی شده و مناطق ممنوعه را دریافت کرده بود؛ اما رسانه‌های جعلی تمایلی ندارند به آن اشاره کنند».
28 آوریل در مصاحبه با فاکس‌نیوز: « خیلی خوب- اجازه بدهید به شما بگویم. من احساس بدی درباره او ندارم. او به این کشور خدمت کرد. او یک ژنرال بود. فراموش نکنید او کاملاً مورد تایید دولت اوباما بود. وقتی او وارد دولت ما بود هنوز هم مورد تایید دولت اوباما بود».
16 مه در بیانیه کاخ سفید: «با اینکه رئیس‌جمهور بارها اعلام کرده که ژنرال فلین مرد نجیبی است که به کشور خدمت و از آن دفاع کرده است، او هرگز از کومی یا هیچ کس دیگری نخواست تحقیقات درباره فلین را متوقف کند. رئیس‌جمهور برای نهادهای قانونی کشور احترام زیادی قائل است».
