ماجرای ساخت مسجد جمکران روایات بسیاری را دارد و همه بزرگان بر اینکه دستور بنا کردن این مسجد از سوی حضرت بقیةالله(عج) صادر شده، صحه می‌گذارند.
 
دستور ساخت مسجد جمکران را فردی به نام شیخ عفیف صالح حسن بن مُثله‏ جمکرانی در یکی از شب‌های ماه رمضان از حضرت امام عصر(عج) دریافت می‌کند که روایت کامل بدین شرح است:
 
شب سه‏‌شنبه، هفدهم ماه مبارک رمضان (393) هجری، در سرای خود خفته بودم که جماعتی به درِ سرای من آمدند. نصفی از شب گذشته بود. مرا بیدار کردند و گفتند: «برخیز و امر امام محمّد مهدی صاحب الزّمان، صلوات اللَّه علیه، را اجابت کن که ترا می‏‌خواند».
 
حسن بن مثله می‌‏گوید: من برخاستم و آماده شدم چون به درِ سرای رسیدم، جماعتی از بزرگان را دیدم. سلام کردم. جواب دادند و خوشامد گفتند و مرا به آن جایگاه که اکنون مسجدِ جمکران است، آوردند.
چون نیک نگاه کردم، دیدم تختی نهاده و فرشی نیکو بر آن تخت گسترده و بالش‏های نیکو نهاده و جوانی سی ‏ساله، بر روی تخت، بر چهار بالش، تکیه کرده، پیرمردی در مقابل او نشسته، کتابی در دست گرفته، بر آن جوان می‏‌خواند. بیش از شصت مرد که برخی جامه‏ سفید و برخی جامه‏ سبز بر تن داشتند، بر گرد او روی زمین نماز می‌خواندند.
 
مسجدی که امام زمان(عج) دستور ساخت آن را داد
 
آن پیرمرد که حضرت خضر علیه السلام بود، مرا نشاند و حضرت امام علیه السلام مرا به نام خود خواند و فرمود: برو به حسن بن مسلم بگو: تو چند سال است که این زمین را عمارت می‌کنی و ما خراب می‌کنیم. پنج سال زراعت کردی و امسال دیگرباره شروع کردی، عمارت می‏کنی. رخصت نیست که تو دیگر در این زمین زراعت کنی، باید هر چه از این زمین منفعت برده‌‏ای، برگردانی تا در این موضع مسجد بنا کنند.
به حسن بن مسلم بگو: این جا، زمین شریفی است و حق ‏تعالی این زمین را از زمین‏ های دیگر برگزیده و شریف کرده است، تو آن را گرفته به زمین خود ملحق کرده‏‌ای! خداوند، دو پسر جوان از تو گرفت و هنوز هم متنبّه نشده‏‌ای! اگر از این کار بر حذر نشوی، نقمت خداوند، از ناحیه‌‏ای که گمان نمی‌بری بر تو فرو می‏‌ریزد.
 
حسن بن مثله عرض کرد: سید و مولای من! مرا در این باره، نشانی لازم است؛ زیرا، مردم، سخن مرا بدون نشانه و دلیل نمی‌‏پذیرند. 
امام علیه السلام فرمود: تو برو رسالت خود را انجام بده. ما، در این جا علامتی م‏ی‌گذاریم که گواه گفتار تو باشد. برو به نزد سید ابوالحسن، و بگو تا برخیزد و بیاید و آن مرد را بیاورد و منفعت چند ساله را از وی بگیرد و به دیگران دهد تا بنای مسجد بنهند، و باقی وجوه را از رهق به ناحیه‏ اردهال که ملک ما است، بیاورد، و مسجد را تمام کند، و نصفِ رهق را بر این مسجد وقف کردیم که هر ساله وجوه آن را بیاورند و صرف عمارت مسجد کنند. پس آن حضرت به من اشاره کردند که برو.
 
چون مقداری راه پیمودم، بار دیگر مرا صدا کردند و فرمودند: در گلّه‏ جعفر کاشانی - چوپان - بُزی است، باید آن بز را بخری. اگر مردم پولش را دادند، با پول آنان خریداری کن، وگرنه پولش را خودت پرداخت کن. فردا شب آن بز را بیاور و در این موضع ذبح کن. آن گاه روز چهارشنبه هجدهم ماه مبارک رمضان، گوشت آن بز را بر بیماران و کسانی که مرض صعب‏العلاج دارند، انفاق کن که حق تعالی همه را شفا دهد. 
آن بز، ابلق است. موهای بسیار دارد. هفت نشان سفید و سیاه، هر یکی به اندازه‏ی یک درهم، در دو طرف آن است که سه نشان در یک طرف و چهار نشان در طرف دیگر آن است آن گاه به راه افتادم. یک بار دیگر مرا فرا خواند و فرمود: هفت روز یا هفتاد روز در این محلّ اقامت کن.
 
مسجدی که امام زمان(عج) دستور ساخت آن را داد
 
حدیث حضرت علی(ع) در باره مسجد جمکران
 
مطابق نقل خلاصة البلدان از کتاب( مونس الحزین) شیخ صدوق،  حدیثی از امیر مؤمنان (علیه السلام ) در رابطه با مسجد جمکران نقل کرده اند که فرازهایی از آن را در این جا می‌‏آوریم :
 
«ای پسر یمانی! در اوّل ظهور، خروج نماید قائم آل محمّد علیه السلام از شهری که آن را قم گویند و مردم را دعوت به حق می‏کند، همه‏ خلائق از شرق و غرب، به آن شهر روی آورند و اسلام، تازه شود ...ای پسر یمانی! این زمین، مقدّس است، از همه‏ی لوث‏ها، پاک است ...عمارت آن، هفت فرسنگ در هشت فرسنگ باشد. رایت وی بر این کوه سفید بزنند، به نزد دهی کهن، که در جنب مسجد است، و قصری کهن - که قصر مجوس است  و آن را جمکران خوانند. از زیر یک مناره‏ آن مسجد بیرون آید، نزدیک آن جا که آتش‏خانه‏ گبران بوده ...»
 
بر اساس این حدیث  مسجد سهله در دوران ظهور حضرت بقیةاللَّه، أرواحنا فداه، پایگاه آن حضرت خواهد بود، مسجد مقدّس جمکران نیز در عصر ظهور، جایگاه خاصّی دارد و پایگاه دیگری برای آن حضرت  محسوب می شود.
 
مسجدی که امام زمان(عج) دستور ساخت آن را داد
 
چرا مسجد جمکران را چهارشنبه شب‌ها زیارت می‌کنیم؟
 
بیشتر کاروانها و برنامه ریزی های زیارت مسجد جمکران  در شبهای چهارشنبه انجام می شود که شاید بسیاری از ما دلیل آن را ندانیم.
 
حضرت بقیةاللَّه(عج) فرمودند: فردا شب که شب چهارشنبه است، آن بز را به همین جایگاه بیاور و ذبح کن و روز چهارشنبه که هجدهم ماه رمضان است، گوشت آن را به بیماران صعب‏العلاج انفاق کن که خداوند، همه‏شان را شفا عنایت می‌‏کند. همین تعیین زمان از جانب امام عصر(عج) روز دیدار عشقان را هم مشخص کرد و فضیلت بخشید.