حکایت دلبستگی‌شان را اگر قرار باشد مرور کنیم صرفا به رابطه پدر و فرزندی ختم نمی‌شود، بلکه سید مصطفی خمینی علی‌اکبری بود که همواره و در تمام مسیرها در کنار حضرت امام خمینی (ره) گام برمی‌داشت و از او با القابی همچون «نور چشم امام»، «بازوی نهضت» و «خمینی دوم» هم نام می‌بردند.
اجتهاد در ۲۷ سالگی
سید مصطفی اولین فرزند امام خمینی و متولد سال ۱۳۰۹ در قم بود؛ از دوران نوجوانی نبوغ خاصی را از خود نشان داد تا جایی که کتاب‌هایی نظیر حاشیه ملاعبدالله، معالم‌الاصول، شمسیه، مطول و بخشی از لمعه را به تحریر درآورد. در سن ۲۱ سالگی در درس خارج آیات عظام بروجردی، سیدمحمد داماد و سیدمحمد حجت کوه‌کمری حضور یافت و تنها ۲۷ سال داشت که اجازه اجتهاد را به دست آورد.
سید مصطفی پیش از آغاز نهضت اسلامی فعالیت‌های سیاسی خود را آغاز کرد؛ از همان زمان با شهید نواب صفوی آشنا شد و در جلسات فداییان اسلام حضور پیدا می‌کرد و با واحدی ارتباط نزدیکی داشت. وی درباره این جمعیت گفته است: «جمعیتی در ایران معروف بودند به فداییان اسلام؛ رئیس آنها مردی بود به نام نواب صفوی (مجتبی) که واقعا دلیر و توانا بود و از روی احساس و عقل، سنگ اسلام را به سینه می‌زد و نمی‌توان او را دور از حقیقت دانست. مرد دوم آنها دوست عزیز خودم شهید عبدالحسین واحدی بود... این‌ها به دست پسر رضاخان جلب شدند و با سکوت مرگبار علما، آنها را تیرباران کردند، گرچه دوست من عبدالحسین را در جای دیگر از بین بردند و داغش را بر دل ما گذاشتند.»
پس از وفات آیت الله بروجردی امام خمینی (ره) نسبت به سیاست رژیم پهلوی انتقادات بسیاری را وارد کردند که همین موضوع باعث ورود سید مصطفی خمینی به مبارزه با رژیم پهلوی شد تا جایی که در گزارشات ساواک آمده است: «تعدادی نوار ضبط صوت که سخنرانی‌های آیت‌الله خمینی روی آن ضبط شده را با خود به عراق برده و در نجف و کربلا به وسیله بلندگو آن را پخش نموده.»
پس از دستگیری امام خمینی (ره) در پانزدهم خرداد هم سید مصطفی که زودتر از سایرین از این موضوع مطلع شده بود با فریاد «مردم! خمینی را بردند» باعث آگاهی مردم شد و چندی بعد موج شعارهای مردمی کل کشور را فرا گرفت و در غیبت هم همواره موجب روشنگری مردم بود تا جایی که ساواک از تعبیر: «... پسر آیت‌اللّه خمینی که مهم می‌باشد، به جای وی نشسته...» برای او استفاده کرده بود. همچنین اعلامیه‌هایی تهیه و برای روحانیون می‌فرستاد و دستورها و پیام‌های امام خمینی را که در آن زمان در حبس به سر می‌برد، به آگاهی طرفداران او می‌رساند.
علاوه بر این پس از دستگیری مجدد امام خمینی در ۱۳ آبان سال ۱۳۴۳ که پس از سخنرانی تند و صریح ایشان در اعتراض به تصویب لایحۀ کاپیتولاسیون صورت گرفت، بازاریان قم را ترغیب کرد تا بازار را تعطیل کنند. به دنبال آن، مأموران شهربانی قم و ساواک او را در منزل آیت الله شهاب الدین مرعشی نجفی دستگیر و به زندان قزل قلعه در تهران منتقل کردند. در گزارش شهربانی آمده است: «چون پس از دستگیری آیت‌الله خمینی، سید مصطفی فرزند وی به روحانیون مراجعه و مشغول تحریک و صاحبان دکاکین را ترغیب به بستن می‌نمود، لذا نامبرده ساعت ۱۰/۱۵ دقیقه صبح با کمک مامورین ساواک دستگیر و به ساواک قم تحویل داده شد».
پس از بازداشت سید مصطفی، دادستانی ارتش در ۱۴ آبان ۱۳۴۳ به اتهام اقدام بر ضد امنیت ملی برای او قرار بازداشت موقت صادر کرد. ساواک این حکم را در ۸ دی ۱۳۴۳، به شرط تبعید سید مصطفی به ترکیه لغو کرد و او آزاد شد. اما سید مصطفی که به قم بازگشته بود با مشورت با برخی علمای قم تصمیم گرفت به ترکیه نرود. با این حال ساواک هم چند روز بعد مجدداً وی را دستگیر و در ۱۴ دی ۱۳۴۳ به ترکیه تبعید کرد.
پدر و پسر که با هم دعوا نمی‌کنند
وی پس از تبعید به ترکیه به شهر بورسه محل تبعید امام خمینی (ره) انتقال یافت؛ در آن زمان امام خمینی، مشغول نگارش تحریر الوسیله بودند و سید مصطفی نیز در کنار پدر فرصت را برای فعالیت‌های علمی غنیمت دانست؛ سید مصطفی خمینی در این باره گفته است: «در آن موقع، گاهی سر بحث، قیل و قال ما به حدّی بالا می‌گرفت که ساواکی‌ها می‌آمدند و می‌گفتند که آقا دعوا نکنید، پدر و پسر که با هم دعوا نمی‌کنند. بعد از آنکه بحث ما تمام می‌شد و با هم می‌نشستیم و چای می‌خوردیم، می‌گفتند که این چه دعوایی است که بعد آن با هم می‌نشینند و چای می‌خورند؟ حاج آقا مصطفی (ره) گاهی به آشپز منزل امام خمینی (ره) در آنجا، که در ضمن ساواکی هم بود، کمک می‌کرد و اگر چیزی بلد نبود، به او یاد می‌دهد. ایشان می‌گفت: او باید هر روز وضعیّت ما را گزارش می‌کرد، ولی به جای اینکه او از من اطلاعات بگیرد، من از او اطلاعات می‌گرفتم.»
سید مصطفی در تاریخ ۱۳ مهر ۱۳۴۴ به همراه امام خمینی (ره) به عراق منتقل شد و تنها یار همراه امام در عراق بود. محمدرضا پهلوی به زعم خود امام را به نجف فرستاد تا از این طریق فعالیت‌های امام خمینی را محدود کند، ولی دست تقدیر بازهم با شاه یار نشد چرا که آنها در عراق هم به جد به فعالیت‌های ضد پهلوی خود ادامه دادند.
دوره تبعید آنها به عراق دوازده سال طول کشید که مقارن با جنبش آزادی بخش فلسطین بود و موضع سید مصطفی در برابر جنبش آزادی بخش فلسطین تأیید و حمایت عملی از آن بود. او پیام‌ها و اعلامیه‌های امام خمینی را به ایران و سایر کشور‌ها ارسال می‌کرد و اخبار نهضت را به اطلاع امام می‌رساند.
منزل سید مصطفی در نجف محل رفت و آمد افرادی بود که خواستار دیدار امام بودند، علاوه بر این ادارۀ بیت امام خمینی در نجف اشرف، هماهنگ‌سازی روحانیون با سایر مبارزان و راه‌اندازی و تقویت نشریه‌ای به نام «۱۵ خرداد» ، افشاگری علیه حکومت پهلوی از رادیوی صدای روحانیت و مسافرت‌های مکرر به مکه و مدینه برای زیارت و تماس با مبارزان و مخالفان حکومت پهلوی که برای حج به عربستان می‌رفتند، از دیگر فعالیت‌های او بود.
مرحوم احمد خمینی از نزدیکی و عشق میان سید مصطفی خمینی و امام این گونه می‌گوید: «من گاهی می‌‌گفتم که این محبت از صورت علاقه فرزند و پدری خارج شده است. در تمام سختی‌ها با امام بود و هرگز در مقابل مشکلات امام بی‌‌تفاوت نمی‌‌ماند».
حجت‌الاسلام برقعی می‌گوید: «از طریق حاج آقا مصطفی، کار‌های بیرون از نجف در رابطه با امام هماهنگ می‌شد و ایشان با تیزهوشی و تیزبینی خاصی که در مسائل سیاسی داشت، حد و حدود ارتباط افراد را با امام تنظیم می‌کرد. به برخی افراد اصلاً اجازه ملاقات با امام خمینی (ره) را نمی‌داد؛ مثلاً، تیمور بختیار زیاد سعی کرد که با امام در ارتباط باشد، به وسیله بسیاری از افراد پیغام و سلام فرستاد که به نحوی برای حفظ وجهه خود در مخالفت با رژیم با امام دیدار کند، ولی به او اجازه داده نشد».
آیت‌الله ناصری می‌گوید: «حلقه دوم حرکت انقلاب اسلامی، هجرت امام خمینی (ره) به نجف و بحث همراهی علمای نجف با انقلاب اسلامی و امام راحل بود، در این عرصه نقش آقا مصطفی بی‌بدیل بود... او با رفتارش دل مراجع نجف و انقلابیون ایران را متوجه امام (ره) و انقلاب کرد» مشی وی مشی معقولی بود که به تعبیر حجت‌الاسلام فردوسی پور، همه مراجع نجف از وی رضایت داشتند.
الطاف خفیه الهی
سید مصطفی در ۴۷ سالگی و در روز نخست آبان ۱۳۵۶ در نجف اشرف و به طور ناگهانی درگذشت. امام خمینی بعد از درگذشت فرزندش در پیامی کوتاه چنین نوشت: «در روز یکشنبه نهم ذی القعده الحرام ۱۳۹۷ مصطفی خمینی، نور بصرم و مهجه قلبم دار فانی را وداع کرد و به جوار رحمت حق تعالی رهسپار شد. اللهم ارحمه واغفر له واسکنه الجنة بحق اولیائک الطاهرین علیهم الصلوة والسلام.»
پیکر سید مصطفی را پس از تشییع و اقامه نماز توسط آیت الله خویی، در اتاق کوچک در ضلع شرقی ایوان طلای حرم امیرالمومنین و در کنار قبر محمد حسین غروی اصفهانی (کمپانی) به خاک سپردند. پزشکان علت وفات او را مسمومیت دانستند و برای روشن شدن امر پیشنهاد کالبد شکافی دادند که امام خمینی با آن مخالفت کرد. ساواک و دولت عراق علت مرگ او را بروز سکتۀ قلبی اعلام کردند؛ با این حال شواهد نشان می دهد که حکومت پهلوی و ساواک در مرگ او نقش داشته‌اند.
امام خمینی در سخنرانی روز ۱۰ آبان ۱۳۵۶ در نجف اشرف، درگذشت سید مصطفی را از الطاف خفیه الهی دانستند؛ زیرا درگذشت سید مصطفی به تشدید مبارزه با حکومت پهلوی، تحکیم رهبری امام خمینی (ره) و ایجاد وحدت و یکپارچگی در میان نیرو‌های مخالف حکومت پهلوی انجامید.
