در پی انتشار ادعایی در فضای مجازی درباره آیتالله صدیقی ، او در نامه‌ای به دادستان تهران به این ادعا واکنش نشان داد و خواستار رسیدگی شد.
طبق این ادعا که صحت آن هنوز به تایید مقامات قضایی نرسیده، حوزه علمیه امام خمینی در منطقه ازگل تهران که تحت تولیت آیتالله صدیقی اداره می‌شود، باغی به مساحت ۴۲۰۰ متر داشته که آبان امسال، اسناد مالکیت این باغ به نام "موسسه غیرتجاری پیروان اندیشه‌های قائم" ثبت می‌شود که مالکان آن آیتالله صدیقی و چند تن از دوستان و بستگان او هستند.
متن نامه آیتالله صدیقی به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
دادستان محترم عمومی و انقلاب تهران
سلام علیکم
معروض می‌دارد، حوزه علمیه امام خمینی (ره) در چارچوب اساسنامه خود، سال‌ها قبل برای تمهید ورود نوجوانان و دانش آموزان علاقمند به آموختن دروس دینی وحوزوی تصمیم به تاسیس مجموعه آموزشی و فرهنگی پیش حوزوی گرفته و برای تاسیس این مرکز اقدام به اخذ مجوز‌های قانونی لازم نمود. بر همین اساس لازم بود تا موسسه‌ای وابسته به حوزه علمیه امام خمینی تاسیس گردد و بخشی از زمین متعلق به حوزه برای ایجاد این مرکز پیش حوزوی به آن موسسه منتقل شود. بر این اساس فردی به نام آقای **** که قبلا مورد اعتماد مجموعه بوده، مسئول پیگیری و انجام امور ثبت اداری موسسه شد. اما متاسفانه فرد مذکور با سوء استفاده از اعتماد اقدام به تدوین و ثبت اساسنامه، جعل امضاء اینجانب، تسهیم سهام به آن کیفیت و بدون اطلاع تولیت، مدیر حوزه و برخی اعضا نموده و مع الاسف حتی بدون ورود و امضاء اینجانب و برخی اعضا ثبت این قضیه صورت پذیرفته است؛ بنابراین موسسه ثبت شده به کیفیتی که در رسانه‌ها انتشار یافت، بدون اطلاع اینجانب ومدیریت حوزه و بر خلاف اهداف مصوب آن به ثبت رسیده است؛ لذا اینجانب کاظم صدیقی از جایگاه تولیت حوزه علمیه امام خمینی (ره) و به عنوان یک شهروند، بدون در نظر گرفته شدن سوابق قضایی و عناوین سیاسی اجتماعی استدعا دارم نسبت به ثبت شکایت رسمی از فرد مذکور و دیگر نقش آفرینان در این فقره، با عنوان جعل و خیانت در امانت اقدام فرموده تا ابعاد این مساله برای عموم‌مردم عزیز ایران، خاصه مومنین روشن و شفاف شود.
