علی مطهری گفته است: ما به طور کلی موظف به دفاع از سرزمین‌های اسلامی هستیم. حتی اگر الجزایر هم مورد هجوم قرار بگیرد ما باید از آنها دفاع کنیم. و برعکس هم همین‌طور. این یک وظیفه اسلامی است که هر مسلمان دارد. این مرزهای قراردادی اصالتی ندارند. اساسا کل کشورهای اسلامی یک کشور هستند و هر جا مورد هجوم کفار یا کسانی که آلت دست کفار هستند قرار بگیرند ما وظیفه داریم که دفاع کنیم. حالا می‌خواهد حرمی آنجا باشد یا نباشد، منتهی اگر حرمی آنجا باشد وظیفه ما مضاعف می‌شود که دفاع از حرم هم صورت میگیرد.
وی ادامه داد کار کسانی که در جنگ سوریه شرکت می‌کنند کار بسیار بزرگی است. و آنها اجر مضاعفی دارند و این حاکی از درک درست آنها از مسائل جهان اسلام و فداکاریشان در راه اسلام است.
علی مطهری با انتقاد از کسانی که مخالف حضور مدافعان حرم هستند تاکید کرد: کسانی که مخالف مدافعان حرم هستند درک درستی از اسلام و مسائل اسلام ندارند و حضور در سوریه سیاست درستی بوده که ایران به مبارزه با گروه‌های تکفیری و تروریستی در سایر کشورهای اسلامی پرداخته است.
مطهری با بیان اینکه اگر زمینه فراهم شود من هم دوست دارم در کنار مدافعان حرم باشم ادامه داد: البته خیلی دوست دارم در جنگ با اسرائیل شرکت کنم و اگر بناست شهید بشوم خیلی بهتر است در جنگ با اسرائیل شهید بشوم. الان هم اسرائیل از این شرایط استفاده می‌کند از این فضایی که وجود دارد و این نیروها همه باید برای مقابله با اسرائیل متمرکز شود منتهی فعلا لازم است که با تکفیری‌ها مقابله کنیم و بعدا سراغ اسرائیل برویم.
براساس این سخنان درست آقای مطهری باید پرسید با چه منطقی از فتنه‌گران و سران آنها که صراحتا از سوی سران رژیم صهیونیستی به عنوان سرمایه بزرگ اسرائیل معرفی شدند حمایت می‌کند؟ آیا سیاستمداران صهیونیست اذعان نکردند که فتنه سبز به مثابه جنگ با جمهوری اسلامی از داخل مرزهای ایران است؟ و آیا فتنه سبز چیزی جز شاخه ایرانی داعش بود که وابستگان آن در آشوب‌ها، شعار «نه غزه نه لبنان» و «حذف جمهوری اسلامی» و «انتخابات بهانه است، اصل نظام نشانه است» می‌دادند؟! آیا زشت نیست که برخی از فتنه‌گران نظیر تاج‌زاده و... دفاع از حریم اهل بیت در سوریه را تخطئه کنند و آن را خسارت بدانند و آقای علی مطهری هم که می‌گوید علاقمند به حضور در جنگ سوریه و جنگ با اسرائیل است، از همان جماعت مرتجع و سقوط کرده حمایت کند؟ به عبارت دیگر آرزوی شهادت در جنگ رژیم صهیونیستی، در تناقض با حمایت از پیاده نظام صهیونیست‌هاست.
یادآور می‌شود علی مطهری تیرماه 1393 با اشاره به دیدارش با رهبر معظم انقلاب (همراه فراکسیون شاهد و برگزارکنندگان شهدا) از تمایلش برای رفع حصر سران فتنه خبر داده و نوشته بود؛ ایشان (رهبرمعظم انقلاب) فرمودند: «من قبلا درباره بصیرت صحبت کرده‌ام و این که نباید راه شهدا و راه انقلاب را گم کنیم. جرم اینها بزرگ است و اگر امام(ره) بودند شدیدتر برخورد می‌کردند. اگر اینها محاکمه شوند، حکمشان خیلی سنگین خواهد بود و قطعا شما راضی نخواهید بود. ما به اینها ملاطفت کرده‌ایم.»
