متن پیام تسلیت تولیت آستان قدس رضوی به شرح زیر است:
با تاسف و دریغ خبر درگذشت ناگهانی برادر صدیق و انقلابی مان، جناب آقای محمد نبی حبیبی را دریافت کردم. این انسان پرهیزگار و اندیشمند که تمام دوران حیات طیب خود را به مجاهدت و تلاش برای پیروزی نظام اسلامی، استقرار و شکوفایی آن به کار بسته بود در ایام چهلمین سالگرد پیروزی انقلاب شکوهمند اسلامی، با کوله باری از مبرات و خیرات به دیدار پروردگارش شتافت.
دبیرکل یکی از تشکل های پرسابقه و پیشتاز در تاریخ انقلاب اسلامی، مسئولیت ها و خدمتگزاری در عرصه های اجرایی به همراه نگاه مومنانه و ولایی در تحلیل مسائل سیاسی و موضع گیری های صریح و دقیق، کارنامه رویکردی و عملکردی این رجل برجسته انقلاب اسلامی را درخشان کرده بود.
اینجانب با اندوه و تاثر، رحلت این دوست مجاهد و انقلابی دیرین را به محضر رهبری معظم انقلاب اسلامی، فرزندان و خانواده محترمشان، اعضای حزب موتلفه اسلامی و عموم علاقمندانشان تسلیت عرض می نمایم»
