علی مطهری در گفتگو با نشریه دانشجویی نسیم عدالت گفت:
بعد از انتخابات، امثال آقایان كدیور، مهاجرانی و گنجی به وضوح هرچه تمام تر، دشمنی و خصومت خود را با نظام فریاد زدند. از تك تك این افراد، به عنوان پتكی استفاده می شود تا بر سر آقای خاتمی بزنند؛ زیرا همكاران سابق آقای خاتمی بوده اند و در دوران آقای خاتمی به نوعی از جانب ایشان صاحب منصب شده اند. آیا به نظر شما این نحوه تجزیه و تحلیل صحیح است كه چون فردی زمانی با شخصی همكار بوده و یا منصوب وی بوده، آن شخصی كه وی را نصب كرده باید الی الأبد پاسخ گوی اعمال وی باشد؟ چون اگر ما بخواهیم این الگو را استفاده كنیم، همین رابطه برای آقای احمدی نژاد و اطرافیانشان نیز قابل استفاده است؛ مثلاً آقایان مشایی، رحیمی، مرتضوی و امثالهم نیز دارای مشكلاتی هستند و می شود از آن ها علیه آقای احمدی نژاد استفاده كرد. در صورتی كه وقتی این نوع محاسبات به آقای احمدی نژاد می رسد، امثال روزنامه ی كیهان و رجانیوز می گویند كه حساب آقای احمدی نژاد و اطرافیانش از هم جداست. بعد از آن هم گریزی می زنند به برخی سخنرانی های رهبری كه مثلاً می فرمایند " مسائل را اصلی - فرعی كنید. ما نباید مسائل اصلی را با مسائل فرعی اشتباه بگیریم. مسائل فرعی مهم هستند و باید به آن ها پرداخته شود ولی نباید آن ها را اصلی و سیاه نمایی كنیم. " همچنین بفرمایید آیا درست است كه كسانی كه در قوه ی قضائیه پرونده دارند، هر كدام به نوعی مشكل دار هستند، سابقه ی آن چنان شفافی ندارند، این ها شخصی را كه در رأس قوه ی مجریه است احاطه كنند و بعد هم ما بگوییم كه این مسائل فرعی است؟ اگر مسائلی به این مهمی فرعی هستند، پس مسائل اصلی چیست؟