پرچم تنها یک نماد است. در عرف مذهبی، سبز بودن آن نشانه سیادت، سرخ بودن آن نشانه شهادت و سیاه بودن آن نشانه مصیبت است. در منابع دینی درباره رنگ پرچم و استفاده از آن توصیه‌ای دیده نشده است.
این پرچم می‌تواند به صورت دائمی و یا تنها در ایام خاص بر گنبدها نصب شود.
اما اینکه در شرایط عادی بر گنبد امیر المؤمنین(ع) پرچمی نصب نیست، گفته شده از آن‌جا که تقاص خون امام علی(ع) توسط امام حسن(ع) از ابن ملجم گرفته شده، پرچمی بر گنبد آن‌حضرت نصب نشده است، اما به این دلیل که هنوز تقاص خون دیگر امامان گرفته نشده، پرچم سرخ که نشانه انتقام است، بر بارگاه ایشان نصب شده است.
