مهرداد یکی از بازیکنانی بود که پس از درخشش در ترکیب راه‌آهن در پنجره تابستانی لیگ شانزدهم به سپاهان پیوست. این همان فصلی بود که عبدالله ویسی هدایت طلایی‌پوشان اصفهانی را پس از قهرمانی دراماتیک با استقلال خوزستان برعهده گرفته بود و مهرداد محمدی در سالی که تغییرات پرشماری توسط این مربی ایجاد شده بود، جزو معدود مهره‌هایی بود که در سپاهان ماند و باعث نمایش‌هایش محبوب اصفهانی‌ها شد.
البته محمدی در لیگ‌های شانزدهم و هفدهم که سپاهان نتایج سینوسی کسب می‌کرد و با رتبه‌های پنجمی و چهاردهمی فصل را تمام کرد، روزهای سختی را پشت سر گذاشت، اما در لیگ هجدهم با حضور امیر قلعه‌نویی شرایط دگرگون شد و محمدی هم در کسب عنوان نایب قهرمانی لیگ برتر یکی از شاخص‌ترین بازیکن سپاهان بود.
در پایان همان فصل محمدی عازم فوتبال پرتغال شد و اگرچه در تیم جدیدش در سال اول به دسته پایین‌تر سقوط کرد، اما این وینگر سرعتی و تکنیکی فوتبال ایران عملکرد خوبی داشت. با این حال ادامه مسیر مهرداد محمدی در قطر ادامه پیدا کرد و او حالا پس از چهار سال دوری از ایران با پیراهن استقلال به لیگ برتر بازگشته است.
مصاف سپاهان و استقلال حساس‌ترین دیدار هفته سوم مسابقات به شمار می‌رود که کسب سه امتیاز مسابقه برای مربیان، بازیکنان و هواداران دو تیم بسیار پراهمیت خواهد بود، اما با وجود تمام این هیجان و حساسیتی که این مسابقه نفس‌گیر در پیش دارد، بی‌شک مهرداد محمدی وقتی برای گرم کردن پا به چمن نقش جهان بگذارد، مورد تشویق هواداران سپاهان قرار خواهد گرفت و خاطرات سه فصل حضورش در اصفهان زنده خواهد شد.
