فرشید باقری با وجود اینکه با قرارداد یک میلیارد تومانی به تیم فوتبال استقلال پیوست، عملکرد خوبی نداشت و در بیشتر بازی‌ها روی نیمکت نشست.
باقری در نیم‌فصل دوم قصد داشت از استقلال برود اما علیرضا منصوریان به دلیل اینکه نتوانست از روزبه چشمی استفاده کند، مجوز جدایی این بازیکن را نداد. باقری در نیم‌فصل دوم به مراتب بهتر از نیم‌فصل اول بازی کرد و حتی برای استقلال موفق به گلزنی شد.
با این وجود، باقری خوب می‌داند که با حضور امید امید نورافکن که پدیده استقلال بوده، جایی در ترکیب تیمش نخواهد داشت. این بازیکن از پرسپولیس پیشنهاد جدی دریافت کرده و بدش نمی‌آید جایی برود که فرصت بازی کردن داشته باشد.
در این میان، علیرضا منصوریان در ابتدا مخالف پیوستن این بازیکن به پرسپولیس بود اما شاید پافشاری باقری باعث شود که پس از پایان فصل، اجازه جدایی این بازیکن را بدهد.
