مصطفی کواکبیان درباره حضورش در انتخابات ریاست جمهوری گفته است: "من اعلام کاندیداتوری نکرده‌ام؛ ما کنگره نوزدهم حزب مردمسالاری را داشتیم و بعد از دو سه ساعت بحث و گفت‌وگو به اتفاق آرا اعلام شد، فلانی نامزد حزب مردمسالاری در انتخابات ۱۴۰۰ خواهد بود."
او افزود: «وقتی گفته شد نمی‌توانستیم در برابر خواست اعضا کاری کنیم و گفتیم چشم در عین حال در مورد نهاد اجماع ساز بعد از بحث ثبت نام و تایید صلاحیت اعلام خواهد شد که با هماهنگی با اصلاح‌طلبان ورود می‌کنیم یا به طور مستقل شرکت می‌کنیم. در حزب مطرح شد با تایید این مراحل حتما باید با اصلاح‌طلبان هماهنگی شود.»
این چهره اصلاح طلب معتقد است شرایط و صلاحیت قانونی نامزدی را دارد اما گفت: "تشخیص با اعضای شورای نگهبان است و امیدواریم بین خود و خدای خود قضاوت و داوری داشته باشند و حتما تصمیمی که می‌گیرند براساس رضای خدا باشد من همین را می‌خواهم و نه التماس می‌کنم و نه می‌خواهیم به هر طریقی شده چنگی به قدرت بیندازیم. ولی می‌گوییم که اعضای شورای نگهبان حتما در داوری خود وجدان الهی را مدنظر داشته باشند همه ما نزد خداوند پاسخگو خواهیم بود."
