در شرایط تاریخی حساس حاضر نجات مملکت و به ثمر رساندن انقلاب بدون وحدت کلمه و وحدت مدیریت میسر نمی‌باشد بدین وسیله استعفای خود را تقدیم می‌دارد". این بخشی از استعفا نامه مهدی بازرگان نخست وزیر دولت موقت است.
دولت موقت یک روز پس از اشغال سفارت امریکا در تهران استعفای خود را تقدیم امام خمینی (ره) کرد. این اقدام باعث تعبیر‌های مختلفی در مورد استعفا شد و آن را با اشغال سفارت مرتبط دانستند. اما بازرگان و سایر اعضای دولت موقت آن را کاملا رد کرده و گفته‌اند که در ماه‌های قبل، چندبار استعفا مطرح شده بود، اما چون در دوازدهم آبان ۱۳۵۷ استعفای همه اعضای دولت به تصویب هیات دولت رسیده بود، در این تاریخ استعفا به‌طور کامل اعلام شد وگرنه رابطه خاصی با جریان سفارت نداشته است.
علت استعفای بازرگان را می‌توان از جنبه‌های مختلف مورد بررسی قرار داد، اما در این نوشتار به چند اختلاف دیدگاه وی با امام خمینی (ره) به عنوان بنیانگذار انقلاب اسلامی اشاره شده است.
مخالفت با کمیته‌ها و نهاد‌های انقلابی
بازرگان معتقد بود که کمیته‌ها و نهاد‌های انقلابی با دخالت در امور دولت مانع اداره کشور می‌شوند و خواستار انحلال آنها بود. او بار‌ها این درخواست را با امام خمینی مطرح کرده بود، اما وقتی از همراهی ایشان ناامید شد نزد آیت‌الله گلپایگانی رفته و با بیان اینکه «کمیته‌ها می‌کشند، میزنند، می‌بندند، به فساد می‌کشند و مانع راه دولتند...» از ایشان خواست تا در مورد انحلال آن پا در میانی کنند. آیت‌الله گلپایگانی نیز پس از شنیدن سخنان بازرگان رو به او کرده و با خنده گفته بودند: «آقای بازرگان! ما از خود شما می‌ترسیم. کمیته‌ها باید باشند.»
سیاست گام به گام در برابر اراده انقلابی
بازرگان به سیاست «تدریج و گام به گام» باور داشت. او می‌گفت: «انتظار عمل کردن مثل رهبر و مرجع عالی‌قدری که بنده را مامور و مفتخر به این خدمت کرده‌اند و با عزم راسخ ایمانی و قدرت، سر به زیر انداخته و بولدوزروار حرکت می‌کند و صخره‌ها و ریشه‌ها و سنگ‌ها را سر جایش خرد کرده و پیش رفته و می‌رود، این انتظار را از بنده نداشته باشید.». اما این شیوه با روح انقلاب سازگار نبود. امام خمینی در پاسخ به این دیدگاه فرمودند: بعضی قدم قدم می‌گفتند برویم، که حالا قدم اولش را [برداریم] من به آن آقایی که آمد پاریس و این مطلب را گفت گفتم در قدم اول پایتان را می‌شکنند!»
نگاه متفاوت به رابطه با آمریکا
بازرگان و دولت موقت به مماشات با امریکا و غرب گرایش داشتند. او تنها یک هفته پس از پیروزی انقلاب در مصاحبه با خبرنگار نیویورک تایمز به صراحت اعلام کرد: «مشتاقم روابط با آمریکا از سر گرفته شود.» بازرگان در آبان ۱۳۵۸ نیز در الجزایر با مشاور امنیت ملی کارتر دیدار کرد اقدامی که در فضای انقلابی آن زمان به منزله‌ی بی اعتنایی خط امام تلقی شد. در مقابل امام خمینی رابطه با امریکا را در چارچوب اصل فقهی "نفی سبیل " می‌‌دانستند؛ و معتقد بودند تمامی گرفتاری‌های ملت ایران به اجانب به خصوص به امریکا منتسب است سخن ایشان در این باره مشهور است که: «دنیا بداند که هر گرفتاری که ملت ایران و ملل مسلمین دارند، از اجانب است. از امریکاست» و بعد از پیروزی انقلاب اسلامی هم درباره ارتباط با امریکا گفتند: «در مورد امریکا، وقتی که واشنگتن از حمایت شاه و دولت بختیار دست بردارد، همه عداوت‌ها نسبت به امریکا از میان خواهد رفت».
مخالفت دولت موقت با مجلس خبرگان
دولت موقت از همان ابتدا با مجلس خبرگان قانون اساسی مخالف بود و انحلال آن را خواستار شد. امام در این رابطه در اول آبان ۵۸ فرمودند: «همین آقایانی که فریاد میزنند که باید دموکراسی باشد، باید آزادی باشد، همین آقایان می‌نشینند دور هم و یک چیزی پیش خودشان می‌‌گویند و می‌‌خواهند تحمیل کنند به ملت.
اینها بخشی از اختلاف نظر‌های دولت موقت بازرگان با امام خمینی (ره) و خط فکری ایشان بود که باعث عدم توانایی بازرگان در همراهی انقلاب اسلامی شد و در نهایت بعد از ۹ ماه استعفا داد. همین تفاوت در هدف و مبنا باعث شد راه بازرگان از مسیر انقلاب اسلامی جدا شود. شهید بهشتی یک ماه پس از استعفای بازرگان با توجه دادن به خدمات بازرگان تاکید کرد: بر روش و خط مشی سیاسی‌شان انتقاد‌های جدی داشته و دارم.
بازرگان سال‌ها بعد هم کاملاً خود را جدا از نظام می‌بیند و همواره می‌کوشد از انقلاب، امام و نظام انتقاد کند. او در کتاب «بازیابی ارزش‌ها» می‌نویسد: «من از ابتدا با آیت‌الله خمینی اختلاف نظر داشتم. شاید ایشان متوجه نشده بود. ایشان ایران را برای اسلام می‌خواست و من اسلام را برای ایران می‌خواستم.»
این همان تعارضی است که در اندیشه بازرگان وجود داشت، اما قبلاً موقعیت بروز پیدا نکرده بود و این شد که «در شرایط تاریخی حساس» استعفا کرد.
