وی روز گذشته (دوشنبه ۲۶ مهر ۱۳۹۵) رسماً این مسئولیت را از افتخار حسین عارف پاکستانی تحویل گرفت. ریاست موسسه فرهنگی اکو هر سه سال تغییر می‌کند و کشورهای عضو به طور گردشی عهده دار این مسئولیت می‌شوند.
بر اساس مصوبه جلسه فوق العاده شورای نمایندگان دائم موسسه فرهنگی اکو (ECI-CPR) که در تاریخ ۲۳ فروردین ۱۳۹۵ برگزار شد و پس از تنفیذ در جلسه فوق العاده شورای وزیران اکو مورخ ۲ مهر ۱۳۹۵ در حاشیه مجمع عمومی سازمان ملل در نیویورک، دکتر محمد مهدی مظاهری به ریاست موسسه فرهنگی اکو برگزیده شد.
وی در مقام ریاست موسسه فرهنگی اکو با تاکید بر لزوم مشارکت حداکثری تمام کشورهای عضو اکو در برنامه های فرهنگی و بین المللی که موسسه در آینده نزدیک ترتیب خواهد داد، گفت: نگاه ما در آینده یک نگاه بین المللی و منطقه‌ای خواهد بود و موسسه فرهنگی اکو اهتمام جدی و ویژه‌ای برای فراهم آوردن تمهیدات لازم جهت تحقق این مهم خواهد داشت.
مظاهری در حال حاضر مشاور ارشد وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی، مشاور وزیر امور خارجه و رئیس هیئت مدیره انجمن آثار و مفاخر فرهنگی ایران است.
