ین کاروانسرا نزدیک باتلاق "گاوخونی" در جاده قدیمی یزد - اصفهان و در جنوب غربی اردکان یزد و ۶۰ کیلومتری عقدا و در فاصله هفت کیلومتری روستای کاییون قرار دارد.