مخارج و هزینه‌های بخش کشاورزی اتحادیه اروپا توسط دو صندوق که به شکلی بخشی از بودجه عمومی این اتحادیه هستند؛ تأمین مالی می‌شوند. یکی از این دو صندوق، «صندوق ضمانت کشاورزی اروپا» است که عمدتاً یارانه‌های مستقیم حمایتی به کشاورزان و اقدامات تنظیم بازار محصولات کشاورزی را تأمین مالی می‌کند و دیگری «صندوق کشاورزی اروپا برای توسعه روستایی» است که برنامه‌های توسعه روستایی کشورهای عضو را کمک مالی می‌کند. این دو صندوق با مدیریت مشترک کشورهای عضو اتحادیه اروپا پیاده‌سازی شده‌اند و این بدان معنی است که کمیسیون مستقیماً پرداختی‌ها را انجام نمی‌دهد بلکه این وظیفه را به عهده کشورهای عضو می‌گذارد.
*حمایت‌های درآمدی اتحادیه اروپا از کشاورزان
مهم‌ترین نوع بودجه اتحادیه اروپا در بخش کشاورزی را یارانه‌های مستقیم حمایتی تشکیل می‌دهند. هدف اصلی پرداخت یارانه‌های مستقیم، حمایت از درآمد کشاورزان است در عوض کشاورزان نیز متعهد به انجام فعالیت‌های کشاورزی در زمین خود و رعایت تعدادی از استانداردها در مورد سلامت مواد غذایی، حفاظت از محیط‌زیست، سلامت حیوانات و حفظ و نگهداری زمین در شرایط زیست‌محیطی و کشاورزی مناسب هستند. یارانه‌های مستقیم حمایتی از طریق آژانس‌های پرداختی که توسط مقامات هر کشور منصوب شده‌اند پرداخت می‌شود.
تحت شرایط خاصی ممکن است کشورهای عضو تصمیم بگیرند که مبلغ پرداخت مستقیم را کاهش دهند و یا اینکه مبنای پرداخت را میزان تولید محصول یک کشاورز قرار دهند. همچنین هدف از مدیریت بازار کمک به سازمان‌دهی بازارها و مراکز تجاری و نیز پاسخ به اختلالات بازار از طریق اقداماتی نظیر خرید مداخله‌ای، حمایت از ذخیره‌سازی اختصاصی محصول (جهت کاهش عرضه بیش‌ازحد محصول در بازار و بهبود قیمت‌ها) ، یارانه‌های صادراتی و حمایت از بازارهای ویژه است. این اقدامات نیز توسط آژانس‌های پرداخت اجرا می‌شوند.
*سرمایه‌گذاری 95 میلیارد یورویی اتحادیه اروپا برای توسعه روستایی
اتحادیه اروپا بر اساس چشم‌انداز توسعه روستایی 2014-2020 بالغ‌بر 95 میلیارد یورو جهت سرمایه‌گذاری در کشورهای عضو هزینه خواهد کرد که هدف از آن تقویت و ترویج رقابت در بخش کشاورزی، حصول اطمینان از مدیریت پایدار منابع طبیعی ، مبارزه با تغییرات آب و هوایی، دستیابی به توسعه منطقه‌ای متوازن اقتصادی و جوامع روستایی شامل ایجاد و حفظ اشتغال، است.
بودجه توسعه روستایی از طریق برنامه‌هایی که دولت‌ها اجرا می‌کنند پرداخت می‌شود و آن‌ها اداره‌ای را جهت اطلاع‌رسانی به متقاضیان این حمایت‌ها ، قوانینی که اعمال می‌شوند و سطح کمک‌های اتحادیه اروپا، تعیین می‌کنند.
