در یکم دیماه سال جاری (1397) «محمود عباس» رئیس تشکیلات خودگردان از انحلال شورای قانونگذاری فلسطین خبر داد، موضوعی که باعث عصبانیت حماس و دیگر گروه‌های فلسطینی شد.
پس از آن حماس تعدادی از اعضای فتح در نوار غزه را بازداشت کرد و تشکیلات خودگردان نیز متقابلا دهها عضو حماس در کرانه باختری را دستگیر کرد.
در ادامه تشکیلات خودگردان اوایل هفته جاری حقوق صدها کارمند این نهاد در غزه را قطع کرد، از بستن تمام مقرهای خود در نوار غزه خبر داد و در 16 دیماه طی تصمیمی ناگهانی تمام کارمندان خود از گذرگاه رفح (واقع در مرز غزه با مصر) را خارج کرد.
«موسی ابومرزوق» از اعضای ارشد حماس در صفحه توئیتر خود به این اقدامات تشکیلات خودگردان واکنش نشان داد و نوشت:
«رهبران گرامی (جنبش) فتح! زمانی که با حماس اختلاف پیدا کردید گذرگاه‌ها را رها، حقوق‌ها را قطع، غزه را فقیر و برق را قطع کردید، همچنین به هماهنگی امنیتی افتخار کردید، کرانه باختری را از دست دادید، غزه را محاصره کردید، آنچه از سازمان‌ها باقی مانده بود تخریب کردید و تهدید به انجام اقدامات جدید رو به افزایش است.
سوال این است: اگر با رژیم اشغالگر اختلاف پیدا کنید، چه کاری انجام خواهید داد؟»
تشکیلات خودگردان در کرانه باختری با رژیم صهیونیستی هماهنگی امنیتی دارد و به این رژیم در بازداشت بسیاری از اعضای مقاومت کمک می‌کند.
تشکیلات همچنین بخش زیادی از بودجه خود را از رژیم صهیونیستی (به دلیل کنترل این رژیم بر بنادر و گذرگاه‌ها و کسب مالیات‌ها) دریافت می‌کند. میان مقامات تشکیلات خودگردان و مقامات رژیم صهیونیستی هم هر چند وقت یکبار، دیدارهایی صورت می‌گیرد.
