سید عطاءالله مهاجرانی، وزیر فرهنگ و ارشاد دولت سید محمد خاتمی در توئیتی نوشت: وقت جدی گذاشتم. رساله دکتری سعید جلیلی را خواندم. در دانشگاه امام صادق علیه السلام دکتری گرفته. تنها می توان گفت سوء تفاهمی به عنوان رساله نوشته، راهنمایی و تصویب شده است. مقایسه کنید با رساله دکتری شهید علی لاریجانی.
عنوان رساله: «بنیاد اندیشه سیاسی در اسلام است». در سال ۱۳۸۰ تصویب شده است. استاد راهنمایش گفته است جلیلی بار ها قرآن را ختم کرده است تا رساله را بنویسد. رساله همانی است که سال هاست جلیلی در سخنرانی مطرح می کند. سوء تفاهم اندیشه و سیاست و اسلام!