مهدی مهدوی‌کیا پس از خداحافظی از فوتبال، خیلی زود در کلاس‌های مربیگری شرکت کرد و در رده‌های پایه مشغول به کار شد که هم‌اکنون حدود چهار سال است در آکادمی کیا و باشگاه هامبورگ فعالیت می‌کند.
موشک ایرانی که در آکادمی کیا موفقیت زیادی داشته و نوجوانان مستعد زیادی را به فوتبال پایه ایران معرفی کرده، طی دو سال اخیر در مقاطع مختلفی جزو گزینه‌های سرمربیگری تیم‌های ملی نوجوانان و جوانان بود ولی تصمیم به فعالیت در آکادمی خود گرفت تا استعدادهای بیشتری را شناسایی کند.
مهدی مهدوی‌کیا کلاس‌های مربیگری را در آلمان که یکی از پیشرفته‌ترین کشورها در عرصه آموزش مربیان است، آغاز کرد و به این کار ادامه داده تا به طور حرفه‌ای و با دانش بیشتری مربیگری در رده‌های سنی بالا را آغاز کند؛ موضوعی که خود او بارها عنوان کرده و تاکید داشته عجله‌ای برای سرمربیگری ندارد و می‌خواهد تجربه و دانش کافی را به دست آورد.
ستاره سابق تیم ملی در جدیدترین پست اینستاگرامی خود خبر از دریافت مدرک مربیگری A اروپا داده که افتخار مهمی برای او و فوتبال ایران محسوب می‌شود، اما او حالا برای گرفتن مدرک مربیگری پرولایسنس اروپا، باید به طور جدی وارد عرصه مربیگری شده و هدایت تیمی را عهده‌دار شود.
