حضرت آیت‌الله خوشوقت از جمله شخصیت‌های کم‌نظیری بود که با بهره‌مندی از ذاتی پاک و روحی نورانی، جایگاهی ممتاز در ساحت علم، عرفان و تهذیب نفس داشت. ایشان نه‌تنها در دوران پیش از انقلاب اسلامی در علوم گوناگونی چون اصول، حکمت، عرفان، اقتصاد، روان‌شناسی و جامعه‌شناسی سرآمد بود، بلکه پس از انقلاب نیز به‌عنوان طبیبی روحانی و مشاوری امین، در خدمت انقلاب، نظام و جوانان قرار گرفت.
آیت‌الله خوشوقت از شاگردان برجسته امام خمینی(ره) و شرکت‌کنندگان در درس آیت‌الله بروجردی بود و امکان مرجعیت برای او فراهم شده بود. بااین‌حال، هیچ‌گاه تمایلی به مطرح‌شدن نداشت و حتی بدون داشتن رساله، مورد رجوع برخی مقلدان قرار می‌گرفت. با ورود به تهران، به فرمان امام راحل عضو شورای‌عالی انقلاب‌فرهنگی شد و در کنار این مسئولیت، جلسات معرفتی پرشور و پرباری برای علاقه‌مندان به معارف الهی برگزار می‌کرد.
سلوک فردی ایشان، نمونه‌ای از سعه‌صدر، تواضع و حضور بی‌تکلف در میان مردم بود. در مجالس مختلف از تهران تا شهرستان‌ها بدون هیچ تکلفی شرکت می‌کرد، به خانه‌ها می‌رفت و هر مشتاقی به‌راحتی می‌توانست با او ملاقات کند. همانند پیامبر اکرم(ص) که «طَبیبٌ دَوّارٌ بِطِبّه»، او نیز طبیبی سیار بود که در پی درمان بیماران روحی به هر نقطه‌ای سر می‌زد.
رهبر معظم انقلاب نیز علاقه و اعتقاد ویژه‌ای به آیت‌الله خوشوقت داشتند. نقل شده که در دیداری، وقتی کفش ایشان گم شده بود، حضرت آقا کفش‌های خود را جفت کرده و مقابل پای آیت‌الله خوشوقت گذاشتند؛ با وجود اصرار ایشان، آقا نپذیرفتند و آیت‌الله خوشوقت کفش ایشان را پوشید. این رفتار نشانه‌ی احترام و ارادتی عمیق بود که فراتر از محبت، نشان از اعتقاد رهبری به جایگاه معنوی او داشت.
مقام معظم رهبری، آیت‌الله خوشوقت را از جمله کسانی می‌دانستند که چون پناهگاهی در برابر طوفان‌ها، دل‌ها را از آسیب حفظ می‌کنند و توصیه می‌کردند که در مواجهه با فتنه‌ها، دل‌ها به او وصل باشد تا از تندبادهای انحراف در امان بمانند.
