شیوه امتحان مرحله دوم نیز به صورت چهار‌گزینه‌ای خواهد بود و سرفصل های‌آن کتاب‌های شیمی سال‌های دهم، یازدهم و دوازدهم دوره دوم متوسطه در سطح شیمی عمومی ۱ و ۲ دانشگاه است.
درباره المپیاد علمی ادبی نیز منابع درسی کتاب‌های فارسی پایه دهم، یازدهم و علوم و فنون ادبی ۱ و ۲ است. زبان عربی نیز شامل ادبیات، احادیث، ضرب‌المثل‌ها و ... است. در شعر هم منابع اعلام شده شامل شاهنامه فردوسی به تصحیح جلال خالقی مطلق، چاپ دایرة المعارف بزرگ اسلامی (رستم و اسفندیار)، بوستان سعدی به تصحیح غلامحسین یوسفی (از آغاز باب دوم تا پایان باب پنجم)، پیشاهنگان شعر فارسی به کوشش محمد دبیر سیاقی (اشعار کتاب از آغاز تا ابتدای شاعران دیگر) است.
درباره نثر هم گلستان سعدی، به تصحیح غلامحسین یوسفی (همه کتاب)، قابوس‌نامه به تصحیح غلامحسین یوسفی (از آغاز باب ۳۰ تا پایان باب ۴۴)، سمک عیار به تصحیح پرویز ناتل خانلری، چاپ بنیاد فرهنگ ایران (صفحات ۱-۶۶) انتخاب شده است.
برای شعر معاصر نیز منابع نیما یوشیج (افسانه، ققنوس، اجاق سرد)، فروغ فرخزاد (از دفتر تولدی دیگر: آن روز‌ها، باد ما را با خود می‌برد، جمعه، تولدی دیگر/ از دفتر ایمان بیاوریم به آغاز فصل سرد: دلم برای باغچه می‌سوزد)، مهدی اخوان ثالث (از دفتر زمستان، سگ‌ها و گرگها، سترون/ از دفتر از این اوستا: قصه شهر سنگستان، پیوند‌ها و باغ، روی جاده نمناک/ از دفتر آخر شاهنامه: نادر با اسکندر، میراث، گفتگو) تعیین شده است.
برای داستان معاصر هم صادق هدایت، دو داستان کوتاه سگ ولگرد و داش آکل، محمد علی جمالزاده، داستان کوتاه فارسی شکر است ملاک آزمون خواهد بود.
در زمینه نمایشنامه هم غلامحسین ساعدی (چوب‌بهدست‌های ورزیل) و برای اطلاعات و درک ادبی، (فاقد منبع مشخص) اعلام شده است.
بنا به اعلام مرکز استعداد‌های درخشان توضیح‌ها و شروح منابع معرفی شده ضرورتا ملاک طرح سوال نیستند. همچنین المپیاد علمی زیست‌شناسی منابع مرحله اول آن، کتاب‌های زیست‌شناسی دبیرستان است و براساس آن‌چه اعلام شده انتظار می‌رود دانش‌آموزان شناخت کافی از مطالب کتاب‌های فیزیک و شیمی دبیرستان نیز داشته باشند.
برای المپیاد علمی فیزیک نیز منابع آزمون مرحله اول در سال ۹۷-۹۸، کتاب‌های علوم متوسطه اول، کتاب‌های فیزیک پایه ۱۰، ۱۱، و ۱۲ در متوسطه دوم، کتب ریاضی تا آخر پایه ۱۱ مربوط به رشته ریاضی فیزیک خواهد بود.
