احیای معاونت اقتصادی رئیس‌جمهور بحث‌هایی را ایجاد کرده است. برخی معتقدند که روحانی به خاطر اینکه پستی برای نهاوندیان دست و پا کند این معاونت را احیا کرده است. نهاوندیان پیش از این گزینه جدی وزارت اقتصاد بود که گفته می‌شود به دلیل حساسیت مجلس نسبت به او از لیست وزرای پیشنهادی کنار گذاشته شد. پیش از این نیز رئیس‌جمهور در حکمی مسعود نیلی اقتصاددان برجسته را به عنوان «دستیار ویژه رئیس‌جمهور در امور اقتصادی و دبیر ستاد هماهنگی اقتصادی» منصوب کرد. نیلی در دولت یازدهم در سمت مشاور ارشد اقتصادی فعالیت می‌کرد. اکنون با حکم جدید روحانی وظایفش در دولت افزایش یافته است. ازسوی دیگر با این اتفاقات به نظر می‌رسد نقش وزارت اقتصاد تا حدودی محدود شده است. به نظر می‌رسد با احیای معاونت اقتصادی و افزایش وظایف مسعود نیلی، وزارت اقتصاد صرفا به عنوان یک نهاد اجرایی عمل خواهدکرد و در سیاستگذاری‌های کلان نقشی نخواهد داشت. با این حال هنوز نمی‌توان به درستی قضاوت کرد که نقش نهادهای مختلف در ساختار تازه چگونه تعریف می‌شود. مثلا مشخص نیست با وجود معاونت اقتصادی آیا وظایف سازمان برنامه نیز محدود می‌شود یا نه؟ همین مسائل نگرانی‌هایی را ایجاد کرده است.
اکنون یکی از پرسش‌های اساسی درباره تیم اقتصادی دولت این است که چه کسی یا چه نهادی فرمانده خواهد بود؟
فرمانده اقتصاد ایران، اکنون مشخص نیست. آیا وزیر اقتصاد ریل‌گذاری می‌کند یا سازمان برنامه؟ شاید هم رئیس کل بانک مرکزی یا حتی ستاد هماهنگی اقتصادی دولت به دبیری مسعود نیلی. البته اسحاق جهانگیری را هم نباید نادیده گرفت؛ و نیز باید دید، شرح وظایف نهاوندیان چیست.
وحید شقاقی شهری تحلیلگر اقتصادی گفت: تعدد افراد و مسئولیت‌ها بدون مشخص شدن شرح وظایف در مدیریت اقتصاد کشور می‌تواند به جای بهبود، ناهماهنگی و تداخل ایجاد کند. باید در آینده مشخص شود که معاونت اقتصادی چه ماموریتی دارد، چیزی که مشخص است نیلی هماهنگ‌کننده است. سوال این است معاونت اقتصادی چه کاره است؟
شقاقی افزود: باید مشخص شود که رئیس‌جمهور با مطالعه معاونت اقتصادی را ایجاد کرده است یا به خاطر نبود پست مناسب برای نهاوندیان این سمت را به وجود آورده است. آن وقت می‌توانیم بگوییم معاونت اقتصادی نهادی اثرگذار است یا تشریفاتی.
وی در پاسخ به این سوال که با توجه به مشخص شدن ترکیب اقتصادی دولت، آیا می‌توان گفت این ترکیب هماهنگ است؟ گفت: «تعدد افراد مناسب نیست. وقتی می‌خواهید بیماری را جراحی کنید اگر 5 جراح را به کار بگمارید این جراحان شاید در استراتژی با یکدیگر اختلافی نداشته باشند اما در نحوه عمل به اختلاف برخواهند خورد. با توجه به اینکه فعلا افراد متعددی به عنوان مدیران ارشد اقتصاد کشور کار خود را آغاز کرده‌اند باید حداقل حدود، نحوه ورود و ماموریت و وظایف آنها کاملا مشخص شود. درغیر این صورت بیم آن می‌رود تداخل وظایف و ناهماهنگی به وجود آید.»
