در پی انتشار خبر ویژه‌ای با عنوان «پاداش شهرداری تهران به سوءتدبیرهای دستیار اقتصادی روحانی» (6 شهریور 97)، مدیر روابط عمومی «موسسه عالی آموزش و پژوهش مدیریت و برنامه‌ریزی» وابسته به ریاست‌جمهوری توضیح ارائه کرد.
در این توضیح آمده است:
مجری قرارداد ذکر شده، موسسه عالی آموزش و پژوهش مدیریت و برنامه‌ریزی است و این موسسه به عنوان یک شخصیت حقوقی طرف قرارداد سازمان حمل‌ونقل و ترافیک شهر تهران است و طبق اساسنامه مصوب و در چارچوب وظایف و مسئولیت‌های قانونی خود به مطالعه و اجرای چنین پروژه‌هایی می‌پردازد. بنابراین برخلاف ادعای آن روزنامه، جناب آقای دکتر مسعود نیلی به عنوان شخص حقیقی طرف این قرارداد نمی‌باشد. مضافاً اینکه پیشینه دکتر مسعود نیلی نشان می‌دهد که وی هیچ‌گاه در پژوهش‌های بسیار خود، به حوزه‌هایی که بیرون از تخصص ایشان (رشته اقتصاد) است، ورود نکرده و همواره، اخلاق علمی و حرفه‌ای را رعایت کرده‌اند.
محتوای خبر منتشر شده توسط آن روزنامه به مخاطبین چنین القا می‌کند که مالکیت موسسه به عنوان یک نهاد آموزشی و پژوهشی، متعلق به جناب آقای دکتر نیلی است، درحالی‌که اولا موسسه چنان‌که از نامش پیداست، هم آموزشی و هم پژوهشی است و ثانیا این موسسه وابسته به نهاد ریاست‌جمهوری است که از سال 1367 و با مصوبه شورای عالی انقلاب فرهنگی راه‌اندازی شده و تا سال 1390 هم زیرمجموعه سازمان برنامه و بودجه کشور بوده است.
نیروی انسانی موسسه، دربرگیرنده اعضای هیئت‌علمی آموزشی و پژوهشی در 3 رشته سیستم‌های اقتصادی (شامل گرایش‌های برنامه‌ریزی حمل‌ونقل و انرژی)، مدیریت و حقوق است که همگی بر پایه قوانین و مقررات وزارت علوم و پس از طی همه مراحل گزینش علمی و اخلاقی، جذب شده‌اند. نام رشته‌ها نشانگر میان‌رشته‌ای بودن موسسه است، بنابراین موسسه عالی آموزش و پژوهش مدیریت و برنامه‌ریزی شرایط لازم را برای انجام مطالعاتی مشابه آنچه که با سازمان ترافیک و حمل‌ونقل شهرداری تهران به توافق رسیده‌ایم «خدمات پژوهشی در ارتباط با سیاست‌گذاری و مطالعات حمل‌ونقل و ترافیک شهر تهران» دارا می‌باشد.
در این توضیح با بیان اینکه «در اجرای ماده 29 قانون مناقصات و آیین‌نامه اجرایی آن دستگاه‌های اجرایی دولتی و عمومی می‌توانند قراردادهایی با این ابعاد را با دانشگاه‌ها، پژوهشکده‌ها و مراکز پژوهشی دولتی از طریق ترک تشریفات و بدون برگزاری مناقصه منعقد نمایند.» آمده است: اشاره به جایگاه آقای دکتر مسعود نیلی به عنوان دستیار ویژه رئیس‌جمهور در خبری که کوچک‌ترین ارتباطی با ایشان ندارد، با واقعیت منطبق نیست و موسسه طی سال‌های گذشته و در دوران روسای سابق آن نیز مطالعاتی از این دست را با شهرداری تهران و سازمان حمل‌ونقل و ترافیک شهر تهران داشته است.
کیهان: ضمن تشکر از روابط عمومی مذکور، بخشی از این توضیحات، در همان خبر قید شده بود. در عین حال سؤالات کیهان روشن است. آقای نیلی به عنوان دستیار اقتصادی ارشد موسسه آموزشی مورد اشاره، چه گلی بر سر دولت - جز مشارکت و همراهی در دادن مشورت‌های کاملا غلط که به آشفتگی اقتصادی بی‌سابقه از سال 74 به بعد دامن زد - زده‌اند که بخواهند به سر ترافیک شهرتهران بزنند؟! و اگر کارنامه آنها در حوزه اقتصادی روشن است، برای چه شهرداری تهران قراردادی 2 میلیارد تومانی با این طیف - آن هم با ترک تشریفات قانونی و به شکل واگذاری یک امتیاز ویژه - منعقد می‌کند؟!
