هانس ویلهلم مولر ولفارت، پزشک بایرن مونیخ در زمان حضور پپ گواردیولا روی نیمک این تیم آلمانی مورد انتقاد این سرمربی اسپانیایی قرار گرفت و در نهایت به خاطر وی مجبور شد سمتی که سال‌ها در این باشگاه در اختیار داشت را موقتاً ترک کند.
ولفارت در انتقاد از سرمربی کنونی منچسترسیتی به شبکه تلویزیونی «ZDF» آلمان گفت: گواردیولا به طور کامل حرفه پزشکی را نادیده گرفت. تنها بحث ریکاوری بازیکنان نبود، بلکه خلاص شدن کامل از درد و مصدومیت بود. بحث بهبودی جراحات نبود، بلکه او کلاً مخالف فلسفه کاری من بود. پپ من را دست‌کم گرفت و می‌خواست به من دستور دهد.
وی افزود: گواردیولا خودش را دست‌بالا گرفته بود و فکر می‌کرد که بیشتر از دیگران می‌داند، اما من برای او بیش از حد بزرگ بودم. من جایگاهی فوق‌العاده در باشگاه بایرن مونیخ داشتم. پپ نمی‌توانست تحمل کند که من جایگاهی در حد وی در باشگاه دارم، از این‌رو سعی در کمرنگ‌تر کردن نقش من در باشگاه داشت و از هر فرصت برای تخریب من استفاده کرد.
پزشک بایرن مونیخ همچنین در کتاب خود با عنوان «زندگی من و پزشکی من»، به انتقاد از پپ پرداخته و در بخشی از آن آمده است: گواردیولا انسانی با اعتماد به نفس کم است که سعی می‌کند این نقطه ضعفش را از دیگران پنهان کند چون او با ترسی دائمی زندگی می‌کند. پپ نه از شکست‌ها، بلکه از این می‌ترسد که قدرت و اقتدارش را از دست بدهد.
