برنامه ششم شاید تنها برنامه توسعه‌ای باشد که دو مجلس برای تصویب آن تلاش کردند و شاید تنها نمونه‌ای بر خلاف پنج برنامه قبلی باشد که دولت و سازمان برنامه و بودجه در تدوین آن نقش مستقیم نداشته است. در واقع بعد از آنکه دولت تمایلی برای ارائه لایحه برنامه به مجلس نشان نداد با هماهنگیهای صورت گرفته بین مقامات عالی کشور کمیسیون تلفیق برنامه ششم ماموریت تدوین این برنامه را دریافت و در نهایت این برنامه با همکاری بخشی از کارشناسان دولت تدوین و در صحن مجلس تصویب شد. این درحالی است که به نظر میرسد دولت از برنامه مذکور رضایت ندارد و در زمانی که هنوز ایرادات شورای نگهبان برطرف نشده برخی مقامات حملاتی را نسبت به برنامه آغاز کرده‌اند.
بر همین اساس معاون اول رئیس‌جمهور در هجمه‌ای بی‌سابقه به مجلس و برنامه ششم گفته بود: مجلس برخی مسائل مهم را با طرح نمی‌تواند حل کند و با تصویب آنها کشور را دچار مشکل می‌کند. برنامه ششم مصوب مجلس گره‌گشای هیچ مشکلی از کشور نیست
در همین خصوص باقری مدیرکل دفتر اقتصاد کلان سازمان برنامه و بودجه خاطرنشان کرد: قرار شد مجلس و دولت با توافق هم متنی را در چارچوب ضوابط برنامه ششم تدوین کنند امّا آن توافق مورد نظر حاصل نشد و منظور آقای جهانگیری همین بود ، متنی که مصوب شد با آن چیزی که مد نظر دولت بود متفاوت است.
اما مجلس در روزهای اخیر سرگرم رفع ایرادات شورای نگهبان به این برنامه توسعه است که فعلا یکسال از زمان اجرایش عقب مانده و در سال 95 بر خلاف رویه‌های سابق، برنامه پنجم توسعه از سوی مجلس نهم برای یکسال تمدید شد تا کشور بدون برنامه اداره نشود.
به نظر میرسد بر خلاف ادعاهای قانون گرایی دولت یازدهم در خصوص ارائه در چارچوب زمانی مشخص شده لوایح، دولت از همان اواخر مجلس نهم تلاشی برای ارائه به موقع برنامه به مجلس نداشت.در واقع بعد از پایان مجلس نهم و روی کار آمدن مجلس جدید مقامات دولتی که گمان می‌کردند با یک مجلس همسو با دولت رو به رو شده اند سعی کردند بر رویه سابق خود مبنی بر عدم ارائه برنامه حرکت کنند اما مجلس نشان داد که لااقل در این مساله ملی قصد همراهی با دولت را ندارد.
به همین دلیل بعد از ارائه لایحه برنامه در قالبهای غیر قابل پذیرش برای مجلس مانند احکام کلی و یا لایحه 34 ماده‌ای و یکسری جداول مستقل آن هم با امضای رئیس سازمان برنامه بودجه و نه رئیس جمهور در نهایت مجوز تدوین برنامه ششم برای کمیسیون تلفیق برنامه ششم صادر شد.
مصری عضو کمیسیون تلفیق برنامه ششم معتقد است: برنامه ششم توسعه در کمیسیون تلفیق با هماهنگی نمایندگان دولت طراحی شده است در واقع نمایندگان با حضور کارشناسان معرفی شده از سوی دولت وظیفه‌ای مغفول مانده از سوی دولت یازدهم را به اجرا رسانده‌اند در این بین نباید دولت فرار رو به جلو داشته باشد. برخی کارشناسان معتقدند حملات اخیر دولت به برنامه ششم تصویب شده در مجلس به نوعی جنبه صوری دارد و نمی‌تواند جنبه‌های کارشناسانه برخوردار باشد.
در واقع نکته آنجاست که اگر بتوانیم از اولین خطای دولت یعنی اصرار بر عدم ارائه برنامه مجلس صرف نظر کنیم اما نمی‌توان این موضوع را در نظر نگرفت که حتی اگر برنامه توسط دولت نیز طراحی می‌شد بلاحره در روند کمیسیون تلفیق دخل و تصرفهایی در برنامه دولت نیز اعمال می‌شد. حتی در مرحله بعد یعنی صحن علنی مجلس نیز محلی برای اعمال تغییرات بیشتر از خواست اولیه دولت است بنابراین اظهارات معاون اول رئیس جمهور نمی‌تواند صرفا یک دغدغه کارشناسی باشد.
کارشناسان بر این باورند تغییرات اعمال شده در برنامه ششم یک امر کاملا بدیهی است چنانچه در بودجه‌های سالیانه نیز تغییرات گسترده‌ای اعمال می‌شود که همواره تامین کننده نظر دولت نیست. به عنوان مثال در بودجه سال 96 منابع عمومی 320 هزار میلیارد تومان در نظر گرفته شد اما این منابع در کمیسیون تلفیق به 345 هزار میلیارد تومان افزایش یافته حتی در صحن علنی مجلس نیز امکان اعمال تغییرات بر این منابع با توجه به نیازهای مختلف کشور برای نمایندگان دور از دسترس نیست.
به هر حال برنامه ششم به آزمون جدیدی برای سنجش میزان قانون گرایی دولت تبدیل شده است و بعد از واکنشهای تند مقامات ارشد دولت نسبت به این برنامه باید منتظر ماند و دید آیا برنامه ششم به تنها برنامه‌ای که تا کنون مجالی برای اجرا پیدا نکرده است نیز تبدیل می‌شود یا خیر.
